Po zakończeniu drugiej części filmu "Madagaskar" Alex, Gloria, Melman i Marty postanawiają zostać w Afryce. Natomiast paczka pingwinów wraca śmigłowcem do Nowego Jorku. Tam, próbują przejąć władzę w zoo. Niespodziewanie okazuje się, że wraz z nimi przyleciał pasażer na gapę - król Julian - oraz jego pomocnicy. W tym niezwykle dowcipnym serialu biorą udział również inne zwierzęta z Central Parku, które nieoczekiwanie komplikują pingwinom ich nową misję... Choroba Juliana irytuje Pingwiny, postanawiają więc wybrać się na wakacje "Na Księżycu". Spotykają tam księżycowego kota, który ma niecne plany wobec ptaszków.
